SỬ DỤNG KỸ THUẬT TÍNH TOÁN MỀM DỰ ĐOÁN CẤU TRÚC BẬC HAI CỦA RNA

Using a soft computing technique to predict the RNA secondary structure

Tóm tắt:

Dự đoán cấu trúc của RNA đóng vai trò quan trọng trong nghiên cứu các qúa trình của tế bào. Nhiều thuật toán đã được phát triển trong hai thập kỷ qua để dự đoán cấu trúc của chuỗi RNA đã biết trình tự sắp xếp nucleotide, nhưng đến nay vẫn còn nhiều vấn đề tồn tại. Phương pháp tiếp cận bằng toán mềm đã nhận được sự quan tâm của các nhà khoa học trong việc giải quyết các trường hợp phức tạp của chủ đề này. Ở đây, chúng tôi mô tả các khái niện cơ bản của RNA và các yếu tố khác biệt về cấu trúc, cũng như một số kỹ thuật tính toán mềm được phát triển để dự đoán cấu trúc bậc hai của RNA. Trong bài báo này, chúng tôi trình bày các kết quả nghiên cứu về việc sử dụng thuật toán ACO (Ant Colony Optimization) đã cải tiến để dự đoán cấu trúc bậc hai RNA, đồng thời đưa ra hướng nghiên cứu tiếp theo cần giải quyết.

Từ khóa: Cấu trúc của RNA; axit ribonucleic; quá trình tế bào; thuật toán tối ưu đàn kiến; tính toán mềm.

Abstract:

Prediction of an RNA structure plays an important role in studying cellular processes. Over the last two decades, many algorithms have been developed to predict the structure of an RNA sequence with a known nucleotide order; however, problems have still remained until now. The soft computing approach has gained attention of researchers in solving complex cases of this topic. Here we describe the basic concepts of RNA and its distinctive structural elements, as well as some of the soft computing-based techniques developed for RNA secondary structure prediction. In the paper, we present the results of our research on the use of the Ant Colony Optimization (ACO) algorithm which has been improved to predict the RNA secondary structure, then introduce approaches for further research.

Keywords: RNA structure; ribonucleic acid; cellular processes; Ant Colony Optimization; soft computing.

Các bài báo khác của tác giả được đăng trên tạp chí

Số thứ tự Bài báo Tạp chí Trang Ngày đăng
15(04) - 2012615-12-12